Срезюмирую и выскажу свои наблюдения:
Способов три:
1. В салоне - сложив заднее сидение и сняв колеса с великов (если колеса на винтах с эксцентриками, то это пара минут снять их). Два велика влезают, это уже многие проверили. Сам так перевозил два велика, дорожного типа (колеса диам. 28", у обычных горных 26").
"+" - ничего не надо покупать дополнительно.
- защищены от непогоды (грязи от фур и пр.)
- все легкосъемные детали (седла, колеса, фляги, сумки) - в салоне. (Хотя далеко от машины я бы все-равно не рекомендовал бы отходить

)
"-" - складываем заднее сидение (всего два-три человека могут ехать).
- Велики необходимо разбирать - снимать колеса, поворачивать набок руль. (хорошо если колеса на эксцентриках, тогда это быстрее).
- Загружать приходиться на вытянутых руках, через заднюю дверь (это не коробку картонную, поставить и задвинуть, да и вес отнюдь на пара кг.)
- Велика вероятность поцарапать и испачкать салон.
2. Багажник на задней двери."+" - салон свободен для пасажиров и прочего багажа.
- Небольшая погрузочная высота. (на мой взгляд - единственный и главный аргумент против багажника на крыше)
- Велосипед не разбирается.
"-" - Велики, скорее всего, будут выступать за габариты машины по ширине. (в особенности касается дорожных с 28" колесами). В условиях Московских, к примеру, пробок - это не очень хорошо. Изначально самая большая ширина машины - по зеркалам - а это всегда перед водителем, перед глазами. В случае крепления великов сзади есть большая вероятность не отследить габарит и повредить велики, чужие машины, свою.
Да и водитель, едущей рядом с вашей, машины, будет отслеживать дистанцию до вашей - по зеркалам. Ему невдомек что у вас сзади негабаритный по ширине груз. (главный минус)
- затрудняется доступ в багажник (насколько я понимаю). Пока не снимешь велики - в багажник не залезешь.
- необходимо докупить спец. багажник-кронштейн.
- велосипеды в открытом доступе для всех - рекомендую снять с велика все легкосъемные детали (седло, сумочки, фляги) и перевозить их в машине.
- велики подвержены дождю и пр. непогоде (грязь от проезжающих фур и пр. В большей степени, чем если бы стояли наверху.)
3. Багажник на крыше."+" - свободный салон.
- велосипед не разбирается.
- габариты машины в длину, а главное - в ширину - не изменяются.
- доступ в багажник не ограничен.
"-" - основной минус - необходимость подьема велика на высоту крыши автомобиля.

(Хотя если делать это вдвоем и с открытыми дверьми, вставая на пороги - то возможно это и не так сложно, как мне кажется.)
- увеличивается габарит по высоте - нужно помнить об этом въезжая на подземные паркинги к примеру.
- необходимо приобрести сам багажник на крышу и по кронштейну на каждый велосипед.
- велосипеды в открытом доступе для всех - рекомендую снять с велика все легкосъемные детали (седло, сумочки, фляги) и перевозить их в машине.
- велики подвержены дождю и пр. непогоде (грязь от проезжающих фур и пр. Хотя и меньше, чем если бы стояли на задней двери.)
p.s. сам пока возил в салоне пару раз. Но быстро надоело разбирать и собирать их.

Подумываю о покупке багажника на крышу. (тем более что он универсален и может пригодиться для перевозки чего-либо еще).